作物在土壤中生長，根可以從較大的根際環境中獲取養分，而無土栽培尤其是水培系統中，根系生長受到基質尺寸的限制，一旦營養液不能滿足植株需求，作物生長就會立即受到限制。
無土栽培技術水質的好壞直接影響到了營養液的質量，同時對整體效果的影響也非常大，尤其是水培，水質的重要性更是不言而喻。
水質對無土栽培營養液的影響主要體現在以下幾個方面：
一、水質硬度
二、水質中的EC和PH
三、水質中的鈉和氯含量
灌溉水中的鹽含量——尤其是鈉濃度是至關重要的。一般作物進行無土栽培時，水中理想的氯化鈉含量要≤2mmol/L。當灌溉水中鈉濃度過高時，作物吸水困難，從而引起根毛細胞脫水，造成植物的“生理干旱”，作物葉片出現枯萎或“燒苗”等現象。另外，高濃度的鹽分會同時破壞作物對其它離子（如，鈣、鎂離子）的吸收，從而導致作物誘發性缺素癥，嚴重影響作物的產量及品質。
氯化物也可能存在于許多水源中，尤其是濱海地區的水源。國標要求灌溉水的氯化物的含量應小于250 mg/l，作物根區中可接受的Z高的氯濃度比鈉的高 0.2-0.5 mmol/L。對于水培來講，含量要求更為苛刻。高氯水源會影響作物對氮、硫的吸收，造成營養缺失；抑制光合作用，影響作物生長發育；不利于作物糖分的轉化，降低作物品質等諸多危害。
水源參考
無土栽培生產上一般使用井水和自來水，河水、泉水、湖水、雨水也可用于營養液配制。
雨水含鹽量低，用于無土栽培較理想，但常含有銅和鋅等微量元素，故配制營養液時要確保其安全性；其次使用雨水時要考慮到當地的空氣污染程度，如污染嚴重則不能使用。
以自來水作水源，生產成本高，但水質有保障。
以井水作水源，要考慮當地的地層結構，并要經過分析化驗。
無論采用何種水源，使用前都要經過分析化驗以確定水質是否適宜。
